牙鲆微卫星分子标记的筛选及多态性检测
本文以牙鲆(ParalichthysolivaceusTemmincketSchlegel)为材料，基因组DNA经Sau3AⅠ进行部分酶切后，选取400～1200bp大小的片段连接到经BamHⅠ酶切的pUC19质粒中，连接产物转化大肠杆菌DH5α构建了牙鲆选择片段基因组文库。运用菌落杂交的方法，在牙鲆(ParalichthysOlivaceus)的小片段基因组文库中筛选含有微卫星序列的重组阳性克隆。使用(AC)10和(AG)10为探针经过两次杂交后，共获得了20个牙鲆的微卫星序列，分别位于16个阳性克隆中，其中完全型13个，不完全型5个，复合型2个。
利用生物信息学的方法，使用实验室自制软件RepeatReporter1.5对牙鲆ESTs数据库中的2992条EST序列进行了微卫星序列的筛选，结果得到265条含有微卫星序列的牙鲆EST序列(标准是：7次以上重复的双碱基重复序列，5次以上重复的三碱基重复序列，4次以上重复的四碱基重复序列，3次以上重复的五碱基及六碱基重复)，占整个ESTs数据库的8.9％。其中双碱基重复序列为¨4个，三碱基重复序列88个，分别占微卫星序列总数的43％和33.2％。在发现的微卫星重复序列中重复次数介于3到31之间，在114个双碱基重复中数量最多的为AC/TG型重复，占双碱基重复总数的71.7％。在三碱基重复序列中，除CTT重复较多，占全部三碱基重复序列的14.8％外，其余各种类型微卫星序列含量较为平均。
在含有微卫星的序列中选取了28条设计引物，19对能够扩增出PCR产物，利用30个牙鲆样本检测微卫星的多态性，发现16个有微卫星多态性的位点。等位基因数从4到19不等，期望杂合度的范围从0.7175到0.9613，表明这些微卫星标记都具有较高的杂合度。所有微卫星座位的PIC值从0.663到0.94，表明这些微卫星位点在牙鲆中均具有较高的信息含量，适合进行各种遗传学分析。
牙鲆;微卫星;多态性;鱼类养殖;海水养殖;遗传育种
中国海洋大学
硕士
海洋生物
张全启
2005
中文
S965.399
59
2006-07-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）