常见致病菌通用芯片检测方法的研究

郑桂丽

中国海洋大学

摘要：

目的:利用生物芯片进行细菌的高通量检测和鉴定已成为很多人的共识,但至今为之还未真正实现.为建立细菌性生物恐怖剂和重要医学细菌的筛查方法,该研究旨在建立一种基于16S rDNA寡核苷酸芯片的检测和鉴定常见致病菌的技术.方法:以16S rDNA为靶标,针对待检细菌设计合成一系列寡核苷酸探针,制备寡核苷酸芯片.由于16S rDNA的保守性,针对每个细菌的四个可变区设计出4条探针.对该室保存的包括近缘和远缘细菌在内的135种共计300多株细菌对探针进行了验证和筛选.根据一种含26条种特异性探针的试验芯片,对芯片的杂交和洗涤条件等进行了摸索,并确立了新的数据分析方法.以筛选得到的探针,重新制备新的寡核苷酸芯片.待检细菌DNA经通用引物扩增标记后,与芯片杂交,对杂交图谱分析归纳,得到一套种/属特异的检测模式.待检样本与芯片杂交后,结果与种/属特异的检测模式相比,根据相似性大小判断样本的种类.以该室保存的部分样品对其进行了特异性验证.最后进行了混合样品检测试验及灵敏度试验.结论:该研究建立的16S rDNA寡核苷酸芯片检测系统具有较强的特异性和稳定性,能在5个小时内将大部分待检样品定位到种或属,可靠性较好,由于针对的靶标细菌种类较多且比较典型,在临床和生物战剂的检测中可起到非常关键的筛查作用,实用性强.

关键词：16S rDNA;寡核苷酸芯片;通用检测系统;致病菌

授予单位：中国海洋大学

授予学位：博士

学科专业：生态学

导师姓名：唐学玺;杨瑞馥

学位年度：2004

语种：中文

分类号：Q93-332

页数：115

在线出版日期：2005-05-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）