刺参SNP标记的开发及应用
刺参（Apostic hopus aponicus）在分类上隶属棘皮动物门(Holothuroidea)、海参纲(Echinodermata)、楯手目(Aspidochirotida)，因其巨大的市场价值成为中国重要的海水养殖品种。SNP(Single nucleotide polymorphism)，即单核苷酸多态性，作为一种理想的分子标记，以二态性、数目多、易于高通量检出等优点在高密度图谱构建、QTL分析、遗传多样性评估、家系鉴定和分子育种方面得到了广泛的应用。目前，利用EST数据库是开发SNP标记的重要途径。高分辨率熔解曲线（High resolution melting，HRM）是一种高效的突变筛查与基因分型技术，具有简单、精确及闭管操作等优点。本研究利用HRM技术开发刺参EST-SNP标记，并应用于群体遗传多样性分析和生长性状关联的研究，为今后刺参的高密度遗传图谱构建、种群结构分析、生物多样性保护和分子标记辅助育种等遗传学研究提供了基础资料。 1.刺参EST-SNP标记的开发 从EST数据库中检索到7，739条序列，经过软件进行聚类拼接后得到1，878contigs，筛选得到229个候选SNP位点，通过HRM分析方法，在一个刺参养殖群体中对其进行验证和分型。实验结果表明，有51个候选SNP位点表现出多态性，47个为新开发出的位点;观察杂合度（Ho）和期望杂合度（He）的范围分别为0.0345-0.5000和0.0345-0.5643，平均值分别为0.2405和0.3055。 2.刺参中国养殖群体和日本野生群体遗传多样性比较 选取已开发的EST-SNP标记中的32个位点，以2个日本野生群体作为参照，运用HRM方法对5个刺参中国养殖群体的群体结构和遗传多样性水平进行分析和比较。结果显示，养殖群体的观测杂合度和期望杂合度与野生群体的没有明显的不同。而群体间两两对比的Fst值(0.0119-0.0236)和遗传一致度(0.9802-0.9915)也并没有明显的区别。对养殖群体和野生群体的AMOVA分析指出，变异的来源在“群体内”。说明了经过长时间的养殖过程，刺参群体的遗传多样性并没有降低，仍然保持着较高的水平。 3.刺参SNP标记与生长性状的关联分析 选取已开发的EST-SNP标记中的46个位点，利用一个刺参全同胞家系进行了EST-SNP基因型与体长、体宽、体重、体壁重和出肉率性状的关联分析。相关性分析显示，46个SNP位点中有10个位点与生长性状呈显著相关（P＜0.05），其中位点SNP183的基因型AB与出肉率显著相关(P＜0.05);位点SNP189的基因型AA与体长呈显著相关(P＜0.05);8个SNP位点(SNP4、SNP146、SNP154、SNP163、SNP164、SNP175、SNP178和SNP216)的基因型BB与体长、体宽、体重、体壁重性状中的部分或全部呈显著相关，推断基因型BB可能是这些位点的优势基因型。研究结果为刺参经济性状分子标记辅助育种提供了参考资料。
刺参;单核苷酸多态性;分子标记;遗传多样性;生长性状;高分辨率熔解曲线
中国海洋大学
硕士
水产养殖
李琪
2015
中文
S968.9
91
2016-03-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）