交替赤杆菌Th20T密度感应淬灭活性及三株新菌的分类鉴定
密度感应(quorum sensing，QS)是一种细菌之间交流的方式，主要通过信号分子的产生、累积和响应来实现。N-乙酰高丝氨酸内酯(N-Acyl-homoserine lactones，AHLs)是革兰氏阴性菌最主要的信号分子类型，并且和多数细菌的致病性密切相关。密度感应淬灭(quorum quenching，QQ)是一种通过酶或小分子阻抑物来抑制QS通路的手段。QQ作用能够在不杀死细菌的情况下抑菌致病菌毒力因子的表达，因此被认为是一种替代抗生素的有效手段。本论文分析了一株海洋交替赤杆菌属细菌Th20T的AHL信号分子降解能力，并对其进行了全基因组测序。在大肠杆菌中克隆表达了该菌的两个QQ酶Alter01792和Alter00534。Alter01792和铜绿假单胞菌PAO1中的PvdQ（AHL酰基转移酶）一致性和相似度分别为26％和45％;Alter00534和PvdQ一致性和相似度分别为14％和24％。这些结果对QQ细菌在水产养殖上的应用提供了新思路。 菌株Th20T是一株需氧革兰氏阴性菌，分离自牙鲆肠道。其在平板上形成黄色圆形菌落，具有氧化酶但不具有过氧化氢酶活性。16S rRNA基因序列分析显示其属于α-变形菌纲，赤杆菌科，与微黄交替赤杆菌（Altererythrobacter luteolus）相似度最高，达97.3％。菌株Th20T的G+C含量为55.17 mol％。利用Illumina Hiseq2000测序平台对其全基因组进行测序，拼接结果为12个contig和8个scafflod，拼接所得scafflod含有2，985，749 bp，预测到2，889个蛋白编码基因，44个tRNA基因和3个rRNA基因。基于其表型、基因型、生理生化特征及系统发育树分析，菌株Th20T代表了赤杆菌科的一个新属，命名为鱼交替赤杆菌新种。 多相分类学分析显示菌株Th6T也是一株分离自牙鲆肠道的细菌新种。其为革兰氏阴性菌，需氧，具有氧化酶及过氧化氢酶活性。其在平板上形成黄色不规则形态菌落。基于16S rRNA基因的分析显示其在黄杆菌科细菌中形成独立一个分支，和最相似菌株比自欧氏菌Bizionia hallyeonsisT-y7T相似度为96.6％。其G+C含量为28.8 mol％，主要呼吸醌为甲基萘醌6。主要脂肪酸为iso-C15∶1 G、iso-C15∶0、iso-C15∶03-OH、iso-C17∶03-OH以及summed feature3（C15∶1ω6c and/or C16∶1ω7c)。基于其表型、基因型、生理生化特征及系统发育树分析，菌株Th6T代表了黄杆菌科的一个新属，命名细长鱼肠杆菌Ichthyenterobacterium magnum gen.nov.,sp.nov新种。 菌株Th68T是一株革兰氏阴性菌，分离自牙鲆肠道，在平板上形成橙色圆形菌落。其生长需要盐，无滑动性。色素为黄色素类型色素(flexirubin-type)。16S rRNA基因进化分析显示其在黄杆菌科（Flavobacteraceae）中具有独立分支，与黄杆菌科其他属细菌相似度全部低于96.05％，说明其是一个细菌新属。菌株Th68T的G+C含量为32.5mol％，主要脂肪酸为iso-C15∶0、iso-C15∶1 G、iso-C17∶03-OH，iso-C15∶03-OH和iso-C16∶03-OH，主要极性脂为磷脂酰乙醇胺、两个未确定的氨脂质以及两个未确定的极性脂成分。甲基萘醌6(MK-6)是其唯一的呼吸醌。基于其表型、基因型、生理生化特征及系统发育树分析，菌株Th68T代表了黄杆菌科的一个新属，命名为鱼肠黄杆菌Flavirhabdus iliopiscaria gen.nov.sp新种。
海洋交替赤杆菌;密度感应淬灭;分类鉴定;全基因组测序
中国海洋大学
博士
微生物学
张晓华
2015
中文
Q939.1
148
2016-03-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）