脊尾白虾微卫星引物筛选及群体遗传多样性分析
采用人工合成的生物素标记(AG)15探针及磁珠富集法构建了海州湾脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)基因组微卫星富集文库。将脊尾白虾基因组DNA经HaeⅢ酶切后,收集400～1200bp片段,连接特定接头,与生物素标记(AG)15探针杂交并捕获含有微卫星的DNA片段,然后连接到pMD18-T载体中,构建脊尾白虾微卫星富集文库。随机挑取947个克隆,经菌落PCR检验,其中667个为阳性克隆。从阳性克隆中随机选取184个克隆进行测序,有150个克隆含有微卫星序列,共获得199个微卫星序列,其中完美型158个(79.4％),非完美型27个(13.6％),复合型14个(7.0％)。根据微卫星序列,设计了119对微卫星引物,64对扩增出稳定的具有特异性的条带,经30个脊尾白虾个体进行多样性评价后,有26个位点表现出多态性。26个微卫星位点获得的等位基因数从3～16个不等,平均每个位点扩增得到6.5个等位基因。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量值(PIC)的范围分别为0.111～0.929、0.246～0.932、0.231～0.909。本研究开发的微卫星位点将为脊尾白虾种群多样性研究、家系识别和种质鉴定提供有效的工具。 采用人工合成的生物素标记(AG)15和(AC)15探针及磁珠富集法构建了莱州湾脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)基因组微卫星富集文库。将脊尾白虾基因组DNA经HaeⅢ酶切后,收集400～1200bp片段,连接特定接头,与生物素标记(AG)15和(AC)15探针杂交并捕获含有微卫星的DNA片段,然后连接到pMD18-T载体中,构建莱州湾脊尾白虾微卫星富集文库。根据微卫星序列,设计微卫星引物,经30个脊尾白虾个体进行多样性评价后,有30个位点表现出多态性。30个微卫星位点获得的等位基因数从2～14个不等。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量值(PIC)的范围分别为0.2299～0.9228、0.1000～0.8000、0.2002～0.8939。本研究开发的微卫星位点将为莱州湾脊尾白虾种群多样性和种群结构研究提供基础的数据。 利用12对微卫星标记分析了莱州湾(LZ)、海州湾(HZ)、象山(XS)脊尾白虾野生群体的遗传多样性。12个位点在3个群体中均表现出高度的多态性。12个微卫星位点共得到115个等位基因,各个位点的等位基因数介于6-14之间,平均每个位点上的等位基因数为9.5833个;各个位点的平均期望杂合度(He)、平均观测杂合度(Ho)、平均多态信息含量(PIC)分别为0.8278、0.5175、0.7051,表明3个脊尾白虾野生群体均有良好的多态性。经F-统计分析,各个群体间的遗传分化指数均值为0.0930(0.05＜Fst＜0.15),呈中等水平分化。基于Nei's遗传距离的UPGMA聚类分析显示莱州湾群体与象山群体距离最近,聚为一类,海州群体单独聚为一类。 利用本文开发的引物建立2个脊尾白虾微卫星3重PCR体系,1个4重PCR体系,1个5重PCR体系。
脊尾白虾;微卫星;富集文库;遗传多样性;生物素标记;磁珠富集法
中国海洋大学
硕士
水产养殖
刘萍;潘鲁青
2012
中文
S917.4
64
2012-12-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）