条班紫菜和坛紫菜SSR遗传多样性分析
条斑紫菜(Pyropiayezoensis)和坛紫菜(Pyropia haitanensis)是我国两种最重要的经济海藻，为我国创造了很大一部分的经济价值，因此了解其遗传背景对于开展紫菜的大规模栽培和进行遗传育种来说非常重要。
本论文主要包括以下内容：对坛紫菜和条斑紫菜微卫星引物扩增条件进行筛选优化，最终确定最优的扩增条件；利用筛选出来的SSR引物对11个坛紫菜样品进行遗传多样性分析；利用筛选出的SSR引物对青岛、日照、连云港、威海、烟台5个地理群体样品进行遗传多样性分析。
主要结果如下：
(1)对软件分析出的简单重复序列设计引物，得到坛紫菜和条斑紫菜SSR引物各36对和46对。通过不同扩增条件的优化筛选(主要是退火温度的优化)，筛选出可以扩增出单一条带的坛紫菜和条斑紫菜SSR引物各19对和12对，用于后期对坛紫菜和条斑紫菜的遗传多样性分析。
(2)用筛选出的12对条斑紫菜SSR引物对从青岛、日照、连云港、威海和烟台的野生群体和栽培群体进行遗传多样性分析，11对引物具有多态性，共得到28个等位基因，平均每个位点的等位基因为2.55，位点遗传多样性比率(P)为91.67％。来自5个不同地理群体的SSR位点平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、平均Shannon多样性指数(H)和香农指数(I)分别为2.0000，1.4610，0.2862和0.4438。多态性指数最高和最低的引物分别是S12和PYM33。
5个地理群体的遗传结构分析表明，烟台野生群体具有较高的遗传多样性，最低的是日照和连云港群体。其中，野生群体的平均观测等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、平均多样性指数(H)和香农指数(I)分别为2.0000、1.4356、0.2746和0.4311，均高于栽培群体(Na=1.8571，Ne=1.4141，H=0.2611，I=0.4036)，表明目前我国条斑紫菜野生群体仍然保持较高的遗传多样性，栽培群体由于栽培过程中定向选择的作用，使得其遗传多样性低于野生群体。
群体间遗传分化结果显示，群体间的遗传分化系数(Gst)为0.1345，表明5个群体总的遗传变异中有13.45％来自群体间，群体内的遗传变异为86.55％。说明群体间的遗传分化水平很低，遗传变异绝大部分存在于群体内。
(3)用筛选出的19对坛紫菜SSR引物对本实验室分离的11个坛紫菜纯系材料进行遗传多样性分析，其中10对引物具有多态性，共得到27个等位基因，多态位点百分率(P)为52.6％。平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、Nei基因多样性指数(H)和Shannon多样性指数(I)为1.9，1.4370，0.2712，0.4180，其中各项指数都以引物E7最大(Na=2.0，Ne=1.7901，H=0.4382，I=0.6294)、S3最小(Na=1.5，Ne=1.2382，H=0.1614，I=0.2518)。利用这10对引物分析11个坛紫菜品系，坛紫菜11个品系间的遗传相似度在0.5185～0.8148之间，遗传距离在0.2048～0.6568之间。遗传相似性度最高而遗传距离最近的为35和36，遗传相似度最低而遗传距离最远的为35和38。
条斑紫菜;坛紫菜;SSR引物;遗传多样性;地理群体
中国海洋大学
硕士
生物工程
茅云翔;孔凡娜
2012
中文
S968.431;Q943
78
2012-12-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）