孔雀鱼遗传连锁图谱的构建及性别特异标记的筛选
孔雀鱼(Guppy,Poecilia reticulata)又名百万鱼、彩虹鱼、库比鱼等,隶属于脊索动物门(Subphylum Vertebrata)、辐鳍鱼纲(Class Actinopterygii)、鳉形目(Order Cyprinodontiformes)、花鳉科(Family Poeciliidae)、花鳉属(GenusPoecilia),原产于南美洲的委内瑞拉、圭亚那、巴西、巴巴多斯及特里尼达等国家和地区,是一种极具观赏价值的小型淡水鱼。孔雀鱼繁殖周期短、易饲养,且体表颜色和体型变化丰富,因此可作为遗传学研究的实验动物。孔雀鱼有23对染色体,是XY性别决定系统,细胞学和遗传学上X和Y染色体都有差别,因而为研究性别决定基因及性别相关标记提供了条件。本研究以孔雀鱼为主要研究对象,构建了SSR和AFLP标记的孔雀鱼雌、雄遗传连锁图谱,并筛选得到了一个性别特异的分子标记,为研究鱼类性别决定奠定了基础。
1.孔雀鱼遗传连锁图谱的构建
利用AFLP和微卫星标记,以孔雀鱼F1全同胞家系为作图群体,构建了孔雀鱼的雌性和雄性遗传连锁图谱。用120对AFLP引物组合对亲本和56个子代个体进行了分离分析。共得到667个在亲本间有多态性并在子代中1∶1分离的AFLP标记,其中含385个父本分离标记和282个母本分离标记。卡方检验显示,父、母本分离标记中共有18个偏分离标记,其他649个标记可用于连锁分析。从304对微卫星引物中筛选出65对多态性引物(21.3％),得到43个父本标记和29个母本标记。另外,将性别作为表型标记一同进行连锁图谱构建。
分别用父本和母本标记构建了孔雀鱼雄性和雌性遗传连锁图谱。雄性连锁图谱含25个连锁群(包括1个三联体及1个连锁对),共332个标记(31个微卫星DNA标记,301个AFLP标记),图谱总长1120,5cM,覆盖率为84.1％。标记间最大间隔21.2cM,平均间隔3.6cM,平均每个连锁群上13.3个标记。雌性连锁图谱含25个连锁群(包括1个三联体及2个连锁对),共233个标记(20个微卫星DNA标记,213个AFLP标记),图谱总长901.2cM,覆盖率为77.3％。标记间最大间隔22.9cM,平均间隔4.3cM,平均每个连锁群上9.3个标记。性别标记定位于雄性图谱第六连锁群上。
2.性别特异标记的筛选
利用AFLP技术对比分析孔雀鱼雌雄基因组间的差异,筛选到1个雄性特异的AFLP标记(PreF262)。对这个标记进行回收、克隆、测序,根据所得核苷酸序列设计了一对引物,仅能在雄性个体基因组DNA中扩增到到特异条带,成功的把AFLP标记转化为SCAR标记。建立了快速鉴定孔雀鱼遗传性别的PCR技术。
孔雀鱼;微卫星标记;AFLP分子标记;遗传连锁图谱;性别特异标记
中国海洋大学
硕士
生物化学与分子生物学
杨官品
2011
中文
Q959.483;Q953.3
69
2011-10-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）