两种纽虫的线粒体基因组研究

徐冬丽

中国海洋大学

摘要：

线粒体基因组全序列对研究系统进化具有重要意义。本研究通过PCR技术扩增和DNA测序,获得白额纵沟纽虫和笠藤壶线纽虫的线粒体全基因组序列并进行了生物信息学分析。主要研究结果如下:
1、白额纵沟纽虫和笠藤壶线纽虫基因组大小分别为15474bp,14596bp。两者均包含后生动物线粒体基因组典型的基因组成(13个蛋白质编码基因、22个转运RNA和2个核糖体RNA)。白额纵沟纽虫基因排列顺序与Lineus viridis一致,含有一个大的非编码区;笠藤壶线纽虫与Paranemertes cf.peregrina基因排列一致,非编码区较短。白额纵沟纽虫与笠藤壶线纽虫相比,基因组中有2个基因发生了易位,包括1个蛋白质编码基因(cox3)和1个tRNA(trnW)。
2、两种纽虫线粒体基因组均存在明显(A+T)碱基偏向,蛋白质密码子第三位A+T含量高于第一、二位点。密码子富含T、G的氨基酸高于富含A、C的氨基酸密码子,所有氨基酸中,疏水氨基酸的含量普遍偏高。
3、白额纵沟纽虫蛋白质编码基因均以ATG为起始密码子,笠藤壶线纽虫的nad3基因和atp6基因以ATT为起始密码子,atp8和nadl基因以GTG作为起始密码子。笠藤壶线纽虫基因组有较多变异位点。
4、两种纽虫线粒体基因组的22个tRNA基因的反密码子,除笠藤壶线纽虫tRNA-Ser(AGN)二级结构缺少D-臂外,都可以折叠成典型的三叶草结构。
5、与已经公布的纽虫线粒体基因组比较分析显示,纽形动物线粒体基因A+T含量rrnL＞rrnS＞trn＞蛋白质编码基因;蛋白质基因中coxl,cox2最为保守;核糖体基因rrnL的保守度高于rrnS;有8个基因区块是6种已得到较完整线粒体DNA序列的纽虫所共有的。

关键词：线粒体基因组;纽形动物门;白额纵沟纽虫;笠藤壶线纽虫;线粒体

授予单位：中国海洋大学

授予学位：硕士

学科专业：动物学

导师姓名：孙世春

学位年度：2011

语种：中文

分类号：Q75

页数：66

在线出版日期：2011-10-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）