中国明对虾和日本囊对虾的群体遗传多样性研究及几种蛏类的分子系统学研究
本实验对帘蛤目四种蛏类大竹蛏(Solengrandis)，长竹蛏(Solenstrictus)和小刀蛏(Cultellusattenuatus)和缢蛏(Sinonovaculaconstricta)的线粒体16SrRNA和COI基因片段部分序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究。得到的序列总长度分别为470-481bp(16S)和658bp(COI)。采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建分子系统树。系统分析显示，采用NJ法和MP法构建的系统树表现出完全相同的拓扑结构。聚类分析显示，大竹蛏和长竹蛏聚为一支，小刀蛏和缢蛏聚为一支。四种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因在不同种间其明显的多态性差异，证实了16SrRNA和COI基因序列均普遍适用于蛏类种及以上阶元的系统学遗传多样性分析。
本文采用聚合酶链式反应(PCR)技术对中国明对虾(Fenneropenaeuschinensis)乳山湾、海洲湾、朝鲜西海岸和韩国南海4个自然群体78个个体的线粒体细胞色素氧化酶I(COI)基因部分序列进行了扩增。PCR产物纯化后测序，排序后得到长度为840bp(不含引物)的序列，四个群体平均A，T，G，C含量分别为28.1％、36.8％、16.2％、18.9％，AT含量高于GC含量。MEGA软件检测到17个变异位点，其中有6个颠换核苷酸位点，其余都为转换位点，共19种单倍型。4个群体拥有单倍型的数量相差不多，乳山湾群体、海洲湾群体，朝鲜西海岸群体和韩国南海群体的单倍型数分别为4个、5个，4个和6个。各群体遗传距离在0.00066-0.00131之间。在多态位点数S、平均核苷酸差异数K和核苷酸多样性指数Pi三个指标上，韩国南海群体的值相对较高，朝鲜西海岸群体次之，其次为海洲湾群体，乳山湾群体最低。用AMOVA软件计算出群体间差异为13.63％，群体内部差异为87.37％，表明主要的遗传变异来自于群体内部。P值检验结果表明，中国明对虾乳山湾群体和海洲湾群体没有明显的遗传分化，韩国南海群体和其它三个群体有显著的遗传分化，利用COI序列构建的UPGMA分子系统树显示各群体没有明显的聚类。结果表明4个群体中以韩国南海群体的遗传多样性最高，其次为朝鲜西海岸群体和海洲湾群体，乳山湾群体群体的遗传多样性最低。从整体水平来看，中国明对虾群体的遗传多样性水平偏低。
本研究对取自福建沿海地区的日本囊对虾的COI基因序列进行了PCR扩增，得到了850bp左右的清晰带，COI序列排序后长度为858bp(不含引物)，A，T，G，C含量分别为27.1％、36.1％、16.7％、20.1％，AT含量高于GC含量。在日本囊对虾19条COI序列中共检测到22个变异位点，8个转换位点1个颠换核苷酸位点，共14种单倍型，通过DNAsp软件，对日本囊对虾群体的遗传多样性参数进行计算，得到平均核苷酸差异数(K)为3.68421、核苷酸多样性指数(Pi)为0.00429，单倍型多样性指数(Hd)为0.959。显然，日本囊对虾福建群体的遗传多样性比中国明对虾群体要高。
群体遗传;对虾;中国明对虾;日本囊对虾;蛏蚌属;生物多样性
中国海洋大学
硕士
水生生物
孔晓瑜
2005
中文
Q959.223;S968.31
70
2006-07-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）